Ο Ιωάννης-Βαπτιστής Φιλιππούσης γεννήθηκε στον Κάμπο της Τήνου στις 6 Μαΐου 1874. Σπούδασε στην Κωνσταντινούπολη όπου χειροτονήθηκε ιερέας στις 12 Ιουνίου 1897. Από το 1897 μέχρι το 1909 διετέλεσε διευθυντής του Ιεροσπουδαστηρίου της Επισκοπής Τήνου. Στη συνέχεια μεταβαίνει στην Κωνσταντινούπολη όπου διορίστηκε Γραμματέας του Αποστολικού Βικαριάτου. Στις 25 Ιανουαρίου ονομάζεται Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και δύο μήνες αργότερα χειροτονείται επίσκοπος.

Στις 29 Μαΐου 1947 μετατίθεται στην Αρχιεπισκοπή Νάξου-Τήνου. Απεβίωσε στις 06 Νοεμβρίου 1959 σε ηλικία 85 ετών.