Οι Επισκοπές Νάξου – Πάρου και Τήνου είναι πανάρχαιες, η ίδρυσή τους ανέρχεται στους πρώτους χριστιανικούς αιώνες και υπάγονταν στη Μητρόπολη Ρόδου. Ήδη στα 343 – 344 αναφέρεται ο Αγάπιος Επίσκοπος Τήνου, ο οποίος έλαβε μέρος στη Σύνοδο Σαρδικής (Σόφια). Το 343 αναφέρεται και ο Αυξέντιος πρώτος γνωστός Επίσκοπος Νάξου-Πάρου.

Οι Επισκοπές Νάξου – Πάρου ενώθηκαν μεταξύ τους και αναβαθμίστηκαν από Επισκοπές σε “Μητρόπολη Παροναξίας” το 1083. Σε μια επόμενη φάση υπήχθησαν σ’ αυτή τη Μητρόπολη οι περισσότερες Επισκοπές των Κυκλάδων (εκτός από τις βόρειες). Στις αρχές του 13ου αιώνα καταργήθηκε η Βυζαντινή Μητρόπολη και ιδρύθηκε λατινική με τον ίδιο τίτλο και τις ίδιες δικαιοδοσίες.

Στα μέσα του 13ου αιώνα ιδρύθηκε και η λατινική Επισκοπή Τήνου στη θέση της βυζαντινής, η οποία συμπεριλάμβανε και τη Μύκονο. Στο τέλος του 18ου αιώνα προστέθηκε στην Επισκοπή Τήνου – Μυκόνου και η Επισκοπή Άνδρου. Στα 1919 η Επισκοπή Τήνου – Μυκόνου – Άνδρου ενώθηκε και με την Αρχιεπισκοπή Νάξου και από τότε αποτελούν μια ενωμένη Εκκλησιαστική Επαρχία και την έδρα της “Μητροπόλεως παντός Αιγαίου”. Συμπεριλαμβάνει Νάξο, Πάρο, Αντίπαρο, Αμοργό, Τήνο, Μύκονο, Άνδρο, Δήλο και ως Μητρόπολη όλο το Αιγαίο Πέλαγος.

Όλες οι Ενορίες της Εκκλησιαστικής αυτής Επαρχίας υπήρχαν πριν το έτος 1621. Το έτος αυτό έχουμε έκθεση του τότε Επισκόπου που πραγματοποιεί ποιμαντική επίσκεψη σε όλες τις ενορίες. Στον κατάλογο υπάρχουν όλες οι σημερινές Ενορίες.